لیزر پوست در حالت عادی عوارض جدی ندارد. عوارض طبیعی و کوتاه مدت لیزر می تواند تنها قرمزی، سوزش و خارش خفیف باشید که خیلی زود از بین می رود. ممکن است شنیده باشید که لیزر می تواند باعث ایجاد سرطان یا نازایی شود اما پرتو لیزر تنها چند میلی متر به پوست نفوذ می کند و اصلا به اندام های داخلی نمی رسد که بخواهد مشکلی را ایجاد کند. پرتو لیزر نوری است و خاصیت پرتو هایی مانند فرابنفش و ایکس که می توانند باعث ایجاد اختلال در تکثیر سلول شوند و سرطان ایجاد بکنند ندارد. 

لیزر پوست در صورتی که توسط افراد غیر متخصص انجام شود می تواند باعث عوارض جدی شود. به طور مثال زاویه تابش اشعه لیزر باید همیشه در وضعیت صحیحی باشد و برای صورت هم باید از چشم بند استفاده کرد تا به چشم ها آسیب وارد نشود. در کلینیک رویان این امر توسط اپراتور حرفه ای انجام می پذیرد و بدون ایجاد عارضه خاصی لیزر پوست انجام می گیرد.